Há duas maneiras de limpar a MBR do HD.
Vamos lá então.
1)Método sunita e arcaico
Usando disquete de boot do Windows 98 pelo MS-DOS digite:
fdisk /mbr
2)Método xiita e moderno
Usando o liveCD de alguma distribuição Linux, digite no terminal:
#dd if=/dev/zero/ of=/dev/sda bs=512 count=1
Feito!