O primeiro passo a se fazer é descobrir qual o tipo de sistema de arquivos que o pendrive possui. 
ALERTA: Se for do tipo FAT ou FAT32 (vfat), o que é mais provável, pode-se utilizar os procedimentos abaixo. Caso a partição seja ext3 ou ext4, creio que seja possível utilizar a ferramenta e2label.
Deve ser feito com o pendrive desmontado apenas, o dispositivo pode deixar plugado no USB. 
O segundo passo é instalar o pacote mtools 
Debian e derivados 
#apt-get install mtools 
No Slackware já vem instalado 
Precisamos saber qual diretório de seu pendrive foi montando, no meu caso o diretório é o /dev/sdb1 
Isso pode ser verificado da seguinte forma: 
#grep vfat /proc/mounts 
/dev/sdb1 /media/KINGSTON vfat  rw,nosuid,nodev,relatime,uid=1000,fmask=0022,dmask=0022,codepage=cp437,iocharset=iso8859-1,shortname=winnt,errors=remount-ro 0 0 
Agora vamos atribuir a letra P: como drive portátil USB editando o arquivo 
#vim /etc/mtools.conf 
acrescentando as linhas abaixo ao final: 
#drive1 USB 
drive p: file="/dev/sdb1" 
 
mtools_skip_check=1  
Agora podemos ver o rótulo atual do drive digitando: 
mlabel -s p: 
Volume label is KINGSTON 
Deve aparecer o nome do rótulo padrão de fábrica 
Vamos atribuir um novo rótulo: 
No meu caso 
mlabel p:REGINALDO 
Volume label is REGINALDO  
Feito!